Meren’in Bilim Günlüğü

Bu günlüğe yazdığım yazıların sıklığının yegâne belirleyicisi olmasına rağmen, bilim yolculuğum ile ilgili çok nadiren bir şeyler karalıyorum. Bilim-milim hadiselerinden çok nadiren bahsediyor olmamın en temel sebebi ne yazık ki bilimi hep İngilizce yapıyor olmam. Fakat bu sefer size Türkçe bir cepyayını taktim edeceğim, hazır olun!

Peki. Bu günlüğe ilk kez denk gelenler için bir mini-giriş. Ben esasında bir bilgisayar insanıyım. Bununla beraber son birkaç yıldır doğadaki bakterilerden elde ettiğimiz genetik veriler ile çalışıyorum. Geçen zaman içerisinde bir bilgisayar insanında daha çok bir ekolog/mikrobiyolog kırması halini aldım. Temel derdim, bildiğimiz anlamdaki yaşamın sınırlarını belirleyen bakterilerin oluşturduğu toplulukların yapılarını anlamaya çalışmak. Bu bağlamda Woods Hole’daki küçük laboratuvarımda, sadece birkaç yıl önce adım attığım bu alanın aklıma düşürdüğü sorulara yanıt aramaya çalışıyorum filan.

***

Meren’in ofisi iki hafta önce tarihinin en kalabalık buluşmalarından birisine ev sahipliği yaptı (Woods Hole Woods Hole oldu olalı Türkiye çıkışlı bu kadar insanı bir arada görmemişti):

Soldan sağa kişiler şöyle: Doğancan Özturan, B. Duygu Özpolat, Aysu Uygur, bendeniz, İlker Öztop, ve Özcan Esen.

Doğancan (Bilgi Üniversitesi) ve Özcan (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi) beni Türkiye’den ziyaret eden iki lisans öğrencisi. Kendileri bu yaz benimle bakteriyel topluluk analizi için geliştirdiğim uygulamalar üzerinde çalışmak üzere ta buralara kadar geldiler. B. Düygü Özpolat kişisi büyük çoğunluğunuzun bildiği gibi Maryland Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmacı. Bu fotoğraf çekildiği sırada Duygu geçen yıl burada başladığı araştırmanın devamını getirmek üzere MBL‘i ziyaret ediyordu. İlker ve Aysu kişileri Harvard’dan iki bilim insanı. Kendileri dünyanın en çok dinlenen cep yayını olan Bilim Kazanı‘nın mutfağındaki tayfanın %66.6’sını oluşturuyor (bununla yetinmeyen Aysu kişisi aynı zamanda Türkiye’deki vasat bilim haberciliğinin ipliğini pazara çıkardığı bir blog olan Bilim-Bilmiyim‘in de biricik editörü (daha önce denk gelmediyseniz gidin okuyun, eğer NTV, Sabah, Milliyet filan gibi ekmeğini saçmalıktan çıkaran bir anaakım medya kuruluşu değilseniz yüksek olasılıkla pişman olmayacaksınız)).

Bu ftoğrafın çekildiği gün Aysu ve İlker ile Bilim Kazanı için küçük bir söyleşi gerçekleştirdik. Kendileri böyle bildiğin mikrofonları ile filan gelmişlerdi:

Mikrofon böyle artist olunca belki benim karga sesimi de güzel alır diye heves ettim başta. Fakat daha sonradan mevzunun mikrofon ile çözülebilecek bir hadise olmadığını yeniden öğrenmiş oldum. Sağlık olsun Meren. Dostlar sağ olsun. Ben zaten sesimle değil vücudumla anılmak istiyorum. Evet, seni sayborg kırması sağ elinle anacağız. Peh. Vücudumla da anılmayayım, iyi.

Yukarıdaki düzenek ile gerçekleştirdiğimiz söyleşi birkaç gün önce Açık Radyo‘da idi. Program radyoda yayınlandıktan kısa bir süre sonra da Bilim Kazanı arşivlerinde yerini aldı:

http://bilimkazani.org/2014/07/03/bolum-16-mikroplara-fisildayan-adam/

Evet. Eğer “bu Meren’in bilimi nasıl bir şeymiş” diye merak ediyorduysanız, ama İngilizce sayfalar içinde kaybolmak istemiyorduysanız belki de bu cep yayınını dinlemeyi düşünürsünüz.

Hem belki bu sayede mikrobiyal ekoloji aranızdan bilgisayar mühendisliği okuyan, ya da lisans eğitiminde mikrobiyoloji ya da ekolojiye heves sarmış olan kimilerinizin ilgisini çeker, aynen bu yıl Özcan ve Doğancan’ın yaptığı gibi seneye yanıma staja gelirsiniz, belli mi olur.

***

Bonus bilgi: Aysu ile İlker Woods Hole’a geldiklerinde Duygu ile de bir cepyayını hazırladılar, Duygu’nun menkıbesinde kopan kol ve bacakları yeniden yeşertmek arzusu olan araştırması hakkında fikir sahibi olmak isteyenler için bu da var yani:

http://bilimkazani.org/2014/06/27/bolum-15-biyolokum-solucan-avi/

***

Peki. Bunlar böyle. Şimdi ise huzurlarınızda “sevgili günlük” formatı.

Sevgili günlük. Uzun yıllardır değişmemiş bir geleneğe istinaden bilim dünyasındaki yolculuğuma “canının istemediği hiçbir şeyi yapma (çünkü canın istemiyorsa muhtemelen bir bildiği vardır)” prensibi ile devam ediyorum. Elbette doktora öğrencisi iken bunu yapmak kolay iken bir laboratuvar sahibi olunca insanın kuyruğunu sırtına vurup sırf canının istediği şeyleri yapması güçleşiyor(muş).

Bununla beraber, henüz benimle çalışan doktora öğrencileri, doktora sonrası araştırmacılar filan olmadığı için kendimden başka kimsenin sorumluluğu yok üstümde (öyle ihtiraslı biri olmadığı için Meren’in sorumluluğu da böyle yok gibi bir şey). Yani hâlâ canımın istemediği şeyleri yapmayabiliyorum. Hâl böyle olunca her an yapmakta olduğum şeyler, temel olarak, yapıldığı durumda en çok beni tatmin edecek şeyler oluyor. Fakat belki de bu uzun süre takılmak için tehliklei bir mecra. Mesela çocukken beni en çok tatmin edecek şeylerden birisi akşam yemeğinde bamya yerine pasta yemek olurdu. Ben çocukken yemek masasında pasta olduğundan değil, analoji yerini bulsun diye pasta diyorum. Neyse. Benim akşam yemeklerini pasta ile geçiştirmemin benden başka kimseye faydası olmayan bir hadise olmasına benzer şekilde, bilim dünyasında sırf canımın istediklerini yapmam da elbette yaptığım şeylerin başkalarını pek enterese etmeyen soytarılıklara dönüşmesi potansiyelini barındırıyor. Bu böyle, ve bunun bilincindeyim.

İnsanın yaptığı şeyin soytarılık olmasında hiçbir sakınca yok aslında. Çok yüce büyük önder ve en ata gazi Türk paşa başkomutan Atatürk beyefendilerin de demiş olsaydı kimsenin şaşırmayabileceği gibi gerçekten de “dilediğini yapan insan en yüce duyguların insanıdır” belki de. Ama eminim bir soytarı bile yaptığı soytarılığın kraliyet dramasının büyük resminde hangi köşeyi doldurduğunu görmek istermişti. Yani uzun lafın kısası, her ne kadar teoride buna ihtiyacım olmasa da, ve her ne kadar istemediğim şeyleri yapmamı yeniden gözden geçirmeme yetmeyecek olsa da, bilim dünyasından bir geri besleme almanın özellikle geçtiğimiz yıl boyunca benim için git gide daha da önemli bir ihtiyaç haline geldiğini hissediyordum. Yani hem pasta ye, hem de annen aferin desin? Ya aferin meselesi de değil. Çünkü belki de insan yaptığı şeylerin etkilerini de görmek istiyor biraz ve belki mevzu sırf bundan ibaret. Yaşlandım diyorsun yani? Yaşlandım diyorum lan var mı. Hehe.

Bununla beraber bilimin insanın yaptığı şeylere geri besleme vermeye tenezzül edecek kadar ilgi gösterme noktasındaki ketumluğu, elinde kahvesi ile gün batımını izleyen adamı havuza ittiren yavşak arkadaşının duyarsızlığı ile aynı meşrepten. Onca yıllar boyu çalışıyorsun, bilimin çıtı çıkmıyor. Nice bilim insanının değerinin öldükten sonra, ya da yaşlılıktan kırılırken filan anlaşılıyor olması bir raslantı değil. İşte bu sessizliği ile bilim, aynen kimi insanların kimi yavşak arkadaşları gibi insanı soruların kucağına itiveriyor: Eğer yaptıklarım benden başka kimseyi enterese etmeyecekse bile onları yapmaya devam etmeli miyim? Ölürken ‘bu yolda kendime kişisel tatminin ötesinde hedefler seçmeliydim’ der miyim? Arada bir bamyaya da OK demeli miyim?

Çoğu durumda içsesim bu sorulara “etmelisin, demezsin, hayır” şeklinde yanıtları yapıştırıveriyor olsa da, geçtiğimiz yıl arada bir “ya bence ben mesela bilimi şimdi biraz bırakayım, başka bir şeyler yapayım mesela di mi” türünden şeyler söyleniyordum kendi kendime. Nitekim kendi çapında çok şirin olan ve fakat şu hayattaki en favori insanlarımdan hiçbirisinin mesken tutmadığı Woods Hole kasabamızda hep birilerinin hasreti ile yaşıyor olmamın tek sebebi bilim iken, bilimin koridorda insanın yanından geçerken, bardağına kahve koyarken, İnternetlerde gezinirken kulağına fısıldayıverdiği “bilim bilim diyon ama bilim için de çok bir şey yapmadın yani hani, di mi? hehe” iğnelemeleri de hiç çekilmez. İnsan hergün böyle tiye alındığında, pasta çilekli bile olsa masayı yerle yeksan edip sofrayı terk eylemek isteyebiliyor işte. Müzisyen, yazar, ressam, mühendis, öğretmen, manav, ya da marangoz için de durum farklı değil muhtemelen. İnsanın yaptığı şeyleri yeniden gözden geçirmediği tek meslek polislik olsa gerek. Polis her yerde polis, kalanlarımızın ise hafızası ve sorgulayacakları var. Velhasılı bilim hakikaten zor. Her şey zor, evet, ama bilim de zor işte yani.

Ama tüm bunlara rağmen arada bir güneş kendisini bulutların arasından gösteriyor. Ve geçen ay da benim için böyle bir ay idi işte. Önce aşağıdaki makalem yayınlandı:

http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/full/ismej201497a.html

ISME‘de yayınlanan bu makale insanlık için küçük, fakat benim için büyük bir adım idi. Bu çalışmanın amacı insan ve hayvan türlerinin bağırsaklarında yaşayan mikropların türlere göre spesifik bir dağılım gösterip göstermediğini araştırmak idi. Misal, sadece insan bağırsağında yaşayan ve başka hiçbir hayvanın bağırsağında yaşamayan bakteriler var mıydı? Varsa neden vardılar, yoksa neden yoktular? İşin teorik kısmı bir kenara, eğer böyle bakteriler varsa, bunun birçok pratik uygulaması var. Örneğin büyük fırtınalardan sonra taşan lağım suları ekili alanlara ya da temiz su kaynaklarına ulaşmış mı diye öğrenmek istediğimiz zaman, bu ortamlardan topladığımız örnekler içerisinde E. coli gibi insan bağırsağında bolca bulunan bakterilerin izini arıyoruz. Bulursak, insan dışkısı buraya kadar ulaşmış deyip ona göre önlem alınmasını salık veriyoruz filan. Bu kamu sağlığını ilgilendiren önemli bir hadise ve tespiti çok uzun yıllardır -kabaca- E. coli filan üzerinden yapılıyor. Fakat E. coli insan bağırsağına özgü bir bakteri değil. Bilakis, birçok memeli ve kuş türünü de mesken tutan “her şey olur hacı, hebsini getir” diyen bir boşboğaz. Bu çalışmada bir bakteri cinsi olan Blautia içinde tür spesifik cengâverler var mı diye insanlar, domuzlar, köpekler, geyikler, inekler, tavuklar ve kedilerden topladığımız dışkı örneklerini indeledik. Tür spesifik bakteriler bulduk bulmasına, ama bunun da ötesinde, bulduğumuz spesifik bakterilerin aynı hayvan türünün farklı kıtalardan gelen örneklerinde bile bulunabildiğini gördük. Elbette bu sonuçlar birlikte-evrim mekanizmalarını anlamamızı kolaylaştırabilecek birçok enteresan soruyu beraberinde getiriyor. Şimdi o sorulara yanıt aramak için bir yandan Pigme, Aborijin, Eskimo, Hadza gibi nispeten izole insan topluluklarından kaka örnekleri toplamak için kimlerin kapısını bana para ver diye aşındırsam acep diye düşünüyor, diğer yandan da insan dışkısını steril domuzların bağırsaklarına pompalama ve insana özel bakterilerin zaman domuz bağırsaklaırndaki yaşam yolculuğunu gözlemleme planları yapıyorum. Her ne kadar küçük bir çalışma olsa da bu makale benim için bir dönüm noktası idi. Zira deney dizaynından elde edilen DNA verisinin kendi geliştirdiğim ve son model teknolojileri kullanan araçlar ile kalite kontrolüne, ve yüksek kaliteli DNA dizilerinin ekolojik olarak anlamlı gruplara ayrıştırılmasına kadar bu çalışmanın büyük bir kısmıni kendi başıma tasarladım ya da gerçekleştirdim. Çocuğum filan olmuş gibi oldu böyle. Yayınlanmasaydı da severdim ben onu. Ama yayınlanmaya değer görülmüş olması benim için çok önemli bir geri besleme idi. Yayınlandığı gün “bu bir yıl yeter artık bana” dedim (ama sonra iki saat filan anca yetti işte).

Hayatın bildik “böyle hiçbir şey olmaz olmaz sonra her şey bir anda olur” rutinine istinaden aynı hafta çat diye bir diğer çalışmam daha yayınlandı:

http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1409644111

Bu çok komik. Çünkü bu makale herkesin “ya Meren ya akşam yemeğinde pasta mı yenir ayol” dediği bir çalışmanın sonucu olarak ortaya çıktı. Adı yazarlar listesinde geçen ve benim gibi akşam yemeğinde pasta yemekten gocunmayan birkaç diğer bilim insanı ile 248 sağlıklı insanın ağzındaki 9 farklı bölgeden toplanmış örnekler içerisindeki bakteriyel toplulukların habitat analizini yaptık. Bunun için önceki yayında da kullandığımız yüksek çözünürlüklü aracı, oligotyping’i kullandık (oligotyping’in makalesini geçen yıl yayınlamıştım). Bu yolculuğun başında hatırını saydığım bir bilim insanı gelip “bu insan ağzı mikrobiyomunu senden önce Harvard’dan bilmemkim analiz edip yayınladı, senin analizinin onlardan daha iyi olacağını sanmıyorum, bence hiç kalkışma bu işe, bunun yerine bence şu öbür konuya yoğunlaş mesela” demişti. Özetle “saat pasta için biraz geç, ama bak bamya var, onu ye bence sen” diyor.

İnsanın ne zaman kendinden daha çok bilenleri dinlemeli, ne zaman kendi içinden geleni yapmalı? Çok fena. İçimizdeki kontrol panelinde bir lamba olsa böyle, karşımızdakiler bize vaaz verirken “bak bak iyi dinle bunu” şeklinde (yani yeşil yeşil) ya da “pfft salla hacı, he de geç” şeklinde (yani melul melul) yanıp sönse ne güzel olurdu. Ama lamba yok. Bamya var. Evet. Bamya hep orada sıranın kendisine gelmesini bekliyor. Bu yüzden belki de en güzeli hep içinden geleni yapmak. Bana “bak onu Mustafaabingiller yabtı zaten” diyen profesöre dışımdan melul melul “hıı e peki o zaman ne güzel dediniz çoeşekkürler” derken, içimdeki Ömer Usta yeşil yeşil “bak beyim, ben akademinin gecekondu muhitlerinde büyüdüm; oksfordla kandırıp, harvırdla korkutup bana bu yaştan sonra bamya yediremezsiniz lan” diye haykırıyordu.

Velhasılı insan ağız mikrobiyomunun bir yıl süren yeniden analizi kaybedecek hiçbir şeyi olmayan Ömer Usta’nın çaldığı başlama düdüğü ile başlamış oldu. Bu makale için gerçekten çok emek harcadık. Misal aşağıdaki resim bu çalışma için hazırladığımız tüm figürleri gösteriyor. En sonunda sadece 6 tanesini kullanmaya karar verdik. Diğerlerinin hazırlanması için yazılan yüzlerce satır kod, onlarca saat süren analizler ve günlerce süren tartışmalar ise yanımıza kâr kaldı:

Bu çalışmayı en sonunda PNAS’in sayfalarında görmek benim için çok anlamlı oldu (Ekşi Sözlük’te PNAS’çilere gaz verme timi var, artık sırtım her yere geldiğinde buzdolabının önünde ağlayarak dondurma yerken gidip orada yazanları filan okurum belki). Bu makale benim için bir diğer dönüm noktası, bamyacı profesöre de belki bu yaşından sonra küçük bir ilham oldu.

Fakat benim için asıl bomba bu makalenin yayınlanmasından sonra patladı.

Aşağıdaki yazı İngilizce bilen ve bilim seven insanların okudukları taktirde vakit kaybı olarak görmeyecekleri bir içerik vaat ediyor:

http://phenomena.nationalgeographic.com/2014/06/25/the-zoo-in-the-mouth/

Çok sevdiğim bir yazar olan Carl Zimmer yukarıdaki yazısında, bizim çalışmamızı alıp evrim ve bilimin doğadaki canlı çeşitliliğini anlama çabası bağlamında bir yere oturtuyor. Böyle yazınca çok afilli duyuldu, o kadar da afilli değil aslında. Özetle “bunca yıldır şöyle şöyle problemlerle boğuşuyoruz, aha na bunların çalışma da gösteriyor ki daha gelmemişiz, gidecek daha çok yol var” diyor.

Elbette dönüp büyük resme bakınca bunların hiçbirisinin matah olmadığını ben de görebiliyorum. Zaten galaksilerin at hırsızı gibi dolandığı bu evrende ne benim, ne sizin, ne de tanıdığınız herhangi birisinin yaptığı herhangi bir şeyin büyük resimde zerre kadar bir önemi var. Büyük resmi referans alınca benimle Feynman, Feynman ile Egemen Bağış arasında hiçbir fark yok. Durum bu. Ve ama elbette bamyaya hayır.